Некоторые тонкости заключения договора с издательством описаны здесь. Задачи же данной статьи: уточнить, дополнить, предложить решение. Придется затрагивать всё, даже ISBN и DOI. Постараюсь соблюдать научный стиль, не используя слов "фигня", "хрень" и "штуковина".

Договор с издательством - это такая штуковина, в которой каждый из пунктов может содержать какую-нибудь фиговую хрень. Издательство, как посредник, занимает лидирующее положение перед автором, т.к. автору без него - никуда. Но мало изучения договора, нужно изучать и список услуг, которые предоставляет издательство автору. Поэтому сначала придется создать словарь терминов, который одновременно содержит и тонкости этих терминов.

ISBN (International Standard Book Number) - уникальный номер изданного труда. Используется и для автоматизации работы с изданиями, а также для однозначного мгновенного поиска книги в каталоге или ином месте. Любой значимый труд должен иметь ISBN, а любая научная статья - значимый труд. Любой уважающий себя научный журнал имеет ISBN или ISSN.

ISSN (International Standard Serial Number) - то же, что ISBN, но для периодических изданий.

DOI (Digital Object Identifier) - стандарт обозначения информации для цифровых изданий. Недостаточно распространен в России. DOI не зависим от издательства; в отличие от ISBN и ISSN он может присваиваться отдельным главам книги, статье, ее частям и даже рисунку или таблице.

ББК (Библиотечно-Библиографическая Классификация) - российский аналог ISBN/ISSN, национальная классификационная система России.

УДК (Универсальная Десятичная Классификация) - система классификации информации. Индекс УДК определяет тематику издания, издание может содержать несколько индексов УДК, если затрагивает разные сферы деятельности.

РИНЦ (Российский Индекс Научного Цитирования) - большая база данных научных публикаций российских учёных. Крайне важно понимать, что система "Антиплагиат" напрямую работает с БД РИНЦ; и если была издана монография по диссертации с РИНЦ, а диссертация будет защищаться через год - система покажет 100% плагиата. Система "Антиплагиат" (как и все в аспирантуре) очень сильно попортила жизнь честным научным работникам, вынужденным брать РИНЦ - и, как следствие, переписывать всю свою работу другими словами.

Знак копирайта (знак охраны авторского права) - юридическое закрепление авторских прав на произведение. При этом знак копирайта может проставлять и издательство в определенных случаях: например, сборник трудов - собственность издательства, а статьи в нем - собственность авторов. Издательство может продавать сборник трудов и иметь от этого прибыль, делить часть ее между авторами статей. Почему не делит - обсудим позже.

Монография - может быть как цифровой (распространяемой на цифровых носителях), так и аналоговой (бумажная книга). С точки зрения разума мир должен перейти на цифровые монографии, как и отказаться от бумажного документооборота полностью: леса не вечные, а традиции, как тормоз эволюции, рано или поздно отомрут. Важный момент: цифровая монография и аналоговая имеют разный ISBN - нельзя цифровую монографию печатать на бумаге или оцифровывать бумажную. Монография обязана иметь ISBN, УДК, ББК, знак копирайта автора; РИНЦ, DOI - опционально.

НТЦ "ИнформРегистр" - единственный исполнитель регистрации цифровых изданий. Принимают заявки только от юрлиц или физлиц-предпринимателей (т.е. сам автор попасть туда бессилен). ИнформРегистр выдает издательству регистрационное свидетельство обязательного федерального экземпляра электронного издания (а издание, в свою очередь, высылает автору его заверенную копию).

Отчуждение исключительного права (ст. 1234 ГК РФ) - перемещение прав от автора к другому лицу (например, издательство) на определенный срок и за определенные деньги. "Исключительного" и означает ограничение автора по ряду пунктов: формально он автор, может получать отчисления - но не имеет права в указанный срок распространять свой труд любыми путями. Большинство договоров с издателями содержит информацию о коротком сроке отчуждения прав (год) и акцентирование на бесплатности сего действа. Т.е. автор не получит никаких денег при продаже своего труда этим издательством третьим лицам, а издательство на протяжение года будет являться "автором" данного произведения. Масштаб кидалова поражает воображение: автор сам платит деньги за издание монографии, не получает никаких денег за его продажу, ограничивает себя полностью в его распространении, разделяет авторство с издательством (знак копирайта на монографии может поставить и издательство). Если же срок отчуждения составляет более года - это еще больше ужимает автора, и в такие издательства лучше не обращаться.

Лицензионный договор (ст. 1235 ГК РФ) - альтернатива статье 1234 ГК РФ, с уточнениями прав издательства. Однако это не спасает от отчуждения исключительного права.

Рецензия на монографию - официальный документ, признающий монографию научным трудом. Документов, регламентирующих количество рецензий и статус рецензента, не существует (заглохли на стадии проекта). Типичной нормой считается одна рецензия от д.Ъ.н; или две рецензии (д.Ъ.н + к.Ъ.н или 2xд.Ъ.н). Фактически, рецензию может написать и человек с ВО, но она не будет иметь научного веса. Рецензию может писать и работник предприятия, на котором работает автор (в отличие от отзывов на диссертацию).

Договор заказа - дополнительное соглашение между издательством и автором, конечно же, в пользу издательства. Автор становится подрядчиком, взяв на себя некие дополнительные обязательства и приняв систему штрафов за ее невыполнение. Поэтому договор заказа должен действовать на автора как кипяток на яйца.

Можно ли вообще обойтись без издательства? К сожалению, не нашел самостоятельных способов присвоения ББК, УДК, РИНЦ, ISBN. Поэтому единственное, что остается, - поискать еще скрытые проблемы при заключении договора с издательством:
- право на псевдоним должно быть только у автора;
- запрет на создание произведения, аналогичному переданному в издательство, является незаконным требованием;
- есть смысл внесения в договор пункта о том, что автор продумывает обложку самостоятельно. Ведь она должна быть уникальным, а за монографию автор платит деньги из своего кармана;
- нельзя передавать исключительные права на произведение: темное дело с передачей прав на произведения третьим лицам.

(добавлено 08.11.2016) Вспоминая, какие проблемы были с моим издательством. Пришлось изменять условия договора добавлением нового пункта с устранением таких косяков:
- издательство решило поставить свой копирайт на труд, разработчиком которого оно не является;
- логотип издательства занимал огромное пространство на обложке, затмивший остальные рисунки;
- некачественная однотипная обложка - пришлось делать свою, как мог;
- еще какие-то мелочи, уже не вспомнить.

(добавлено 24.03.2017) Ранее слышал об утечке изданных в России статей за границу, но не понимал толком, как это происходит. На глаза попался журнал, в котором в графе "авторские права" этот механизм был частично раскрыт.

"1. Автор (соавторы) с даты вступления настоящего Договора в силу передают и продают Издателю на срок действия авторского права все исключительные права на Произведение на английском языке, включая права на перевод (в том числе и на перевод оригинального Произведения на английский язык), воспроизведение, переиздание (право выдавать лицензию),  передачу, распространение или иным способом использование Произведения или содержащихся в нем частей (фрагментов) для публикации по всему миру  на английском языке в научных, учебных, технических или профессиональных журналах или других периодических изданиях и производных работах;  в печатных и электронных версиях  таких журналов, периодических изданий и производных работах во всех  средствах и форматах, существующих на данный момент и которые могут возникнуть в будущем,  а также право на выдачу лицензии (или разрешения), третьим сторонам (в т.ч. аффилированным лицам и др.) использовать Произведение на английском языке для публикации по всему миру в таких журналах,  периодических изданиях и составительских и производных работах, базах данных.
2. В дополнение к вышеуказанному понятие использование, предусмотренное выше, включает, не ограничиваясь: право на воспроизведение англоязычной версии Произведения и содержащихся в нем отдельных частей, включая аннотации, библиографическую информацию, иллюстрации, рисунки, фотографии и все составляющие собственность объекты авторских прав, которые содержатся в Произведении, компиляциях, репринтах, сборниках статей, журналах, образованных разделением  журнала (или включением в него), дополнительных выпусках, комбинированных изданиях, производных произведениях и других формах Произведения на английском языке, в базах данных и любым иным способом и в любой иной форме (включая кроме всего прочего любые печатные и электронные форматы); право на создание на их основе любых других производных произведений; право компилировать; право распространять, рассылать, поставлять на рынок, предоставлять доступ к, рекламировать, распространять  копии, продвигать и продавать (напрямую или через третьих лиц) Произведение на английском языке или отдельные их части (как указано выше), по отдельности или в коллекциях и пакетах вместе с другим контентом по любым моделям распространения, лицензирования и продажи, которые практикуются в настоящее время или возникнут в будущем.
3. Передача прав по настоящему Договору включает право на обработку формы представления Произведения на английском языке для использования во взаимодействии с компьютерными программами и системами (базами данных), воспроизведения, публикации и распространения в машиночитаемом формате и внедрения в системы поиска (базы данных)
4. Издатель будет иметь все права на англоязычную версию Произведения, включая переводы, компиляции и другие производные по отношению к Произведению произведения, созданные Издателем (его сотрудниками или подрядчиками) в соответствии с настоящим Договором, и в той степени, в какой Автор (соавторы) сохраняют права на эти Произведения.
5. Автор (соавторы) или Работодатель автора (соавторов) Произведений сохранит все имущественные права (за исключением прав, переданных Издателю или указанных как принадлежащие Издателю в соответствии с настоящим договором), включая права на патенты и торговые знаки, а также на процессы и методы, описанные в Произведении".